Introduction to PKNCA: Automation of Noncompartmental Analysis in R

ISoP Pharmacometrics Study Group Presentation

• 강의 동영상 https://www.youtube.com/watch?v=WCmFrheYtcc
• 프로젝트 https://github.com/billdenney/pknca
• Package https://cran.r-project.org/web/packages/PKNCA/
• 예제 R Markdown 파일 : https://github.com/billdenney/pknca/tree/master/vignettes
• PPT 파일

PKNCA 패키지란 무엇인가?

• Pharmacokinetic(PK) data를 위한 모든 noncompartmental analysis (NCA) 계산이 가능한 R용 패키지

설치방법

library(devtools)
install_github("billdenney/pknca")

오픈소스 NCA - 지금이 적기이다.

• Data standards 가 점점 많아짐
• CDISC/SDTM가 FDA requirement
• CDISC ADaM working group is standardizing NCA data set (ADNCA) |
• CDISC SDTM pharmacokinetic concentration (PC) and pharmacokinetic parameter (PP) domains have been standardized
• 우리도 R로 NCA?

할수 있는 것

• Organizes concentration/time and dose/time data
• Predicts what you most likely need from NCA parameters from the concentration and dosing data.
• Allows user control of all NCA parameter and summary calculations
• Calculates all (standard) NCA parameters (Targeting the SDTM PK 파라메터)
• Summarizes the parameters

한계

• 그래픽 못그림
• 파라메터의 statistics 못구함 (곧 기능 추가할듯)

PKNCA 현재는 0.7

• NCA 파라메터 계산가능 (Cmax, Tmax, AUClast, AUCinf, AUMC, half-life, …)
• NCA-related calculations (Superposition, Concentration interpolation/extrapolation (with AUC methods), Time to steady-state)
• SDTM PP-READY OUTPUT 가능
• 인풋에서 아웃풋까지 TRACK가능하다.
• 800개 넘는 테스트 케이스가 있음.

PKNCA 곧 1.0이 나올것이다.

• Improved prediction of desired parameters (정확도 accuracy, number 등)

참고사항

• Github에서 모두 다운로드 가능
• CRAN에 package올라왔다. (0.7) https://cran.r-project.org/web/packages/PKNCA/
• [email protected] 으로 메일 보내라
• 모든게 오픈이기 때문에 Github에서 기여 환영

RStudio를 사용한 Hands-on 실습

Example-theophylline.Rmd

• Theophylline 농도를 가지고 PK Parameter 구하는 법
• https://raw.githubusercontent.com/billdenney/pknca/master/vignettes/Example-theophylline.Rmd
• 이 파일을 RStudio에서 실행해본다.
• 이후 article에서 분석할 것입니다.

Superposition.Rmd

• https://raw.githubusercontent.com/billdenney/pknca/master/vignettes/Superposition.Rmd
• 이 파일을 RStudio에서 실행해본다.

Closing

• PKNCA.options() 모든 옵션을 볼 수 있다.

결론

• 써보고 feedback주고 contribute해라.